Sông Kagera đổ vào hồ Victoria gần thị trấn Bukoba của Tanzania là nguồn cung cấp nước dài nhất, mặc dù các nguồn tài liệu khác nhau không công nhận nó là nhánh dài nhất và do đó nó là nguồn xa nhất của sông Nile.[4] Nguồn hoặc là Sông Ruvyironza từ tỉnh Bururi, Burundi,[5] hoặc Nyabarongo chảy từ rừng Nyungwe ở Rwanda.[6] Hai nguồn cung cấp này gặp nhau tại thác Rusumo tại ranh giới của Rwanda-Tanzania.

Năm 2010, một nhóm khảo sát[7] đã đến đây miêu tả về nguồn của nhánh Rukarara,[8] và đi theo một con đường trên sườn núi đã tìm thấy (trong mùa khô) nguồn nước mặt lộ ra chảy nhiều dặm ở phía thượng lưu, và đã tìm thấy nguồn mới, do đó chiều dài sông Nin là 6.758 km. Vịnh Gish được xem là nơi có "nước thánh" có giọt đầu tiên của sông Nin.[9]

Nin Trắng

Sông Nin có hai nguồn chính, quan trọng nhất là sông Nin Trắng bắt nguồn từ vùng xích đạo Đông Phi, rồi đến sông Nin Xanh bắt nguồn từ Ethiopia. Hồ Victoria, nằm giữa Uganda, Kenya và Tanzania, được xem là nơi bắt nguồn của dòng sông này.

Nin Xanh

Sông Nin Xanh bắt nguồn từ Hồ Tana trên vùng cao nguyên của Ethiopia. Dòng Nin Xanh chảy được khoảng 1.400 km (850 dặm) tới Khartoum thì hai dòng Nin Xanh và Nin Trắng gặp nhau, hợp lưu tạo nên sông Nin. Phần lớn nguồn nước của sông Nin được cung cấp từ Ethiopia, chiếm khoảng 80-85% lưu lượng lệ thuộc vào vũ lượng. Mùa mưa ăn khớp với mùa hè khi nhiều trận mưa rào trút xuống, góp nước cho sông Nin.

Dòng Nin

Đoạn sông Nin ở phía Bắc chủ yếu chảy qua sa mạc. Phần lớn cư dân Ai Cập, ngoại trừ một số dân cư ven biển, sống dọc theo bờ sông Nin bắt đầu từ phía bắc thành phố Aswan. Di tích nền văn minh Ai Cập cổ đại cũng tập trung dọc theo hai bên bờ sông Nin. Dòng sông Nin còn là huyết mạch giao thông nhất là vào mùa lũ, khi mà các phương tiện đường bộ không thể di chuyển được.

Lưu vực sông Nin

Lưu vực sông Nin chiếm khoảng 1/10 diện tích châu Phi là nơi phát triển và tàn lụi của nhiều nền văn minh cổ đại. Cư dân hai bên bờ sông Nin là một trong những nhóm người đầu tiên biết trồng trọt, làm nông nghiệp và sử dụng cày. Lưu vực sông Nin được giới hạn ở phía Bắc bởi biển Địa Trung Hải, phía Đông bởi dãy Biển đỏ (Red Sea Hills) và Cao nguyên Ethiopia, phía Nam bởi cao nguyên Đông Phi, trong đó có bao gồm hồ Victoria là một trong 2 nguồn của sông Nin, phía Tây tiếp giáp với lưu vực sông Chad, sông Công gô và trải dài xuống Tây nam đến dãy Marrah thuộc Sudan [10]